放线菌门的鞭毛进化分析显示，尽管该细菌门中仅有13%的物种携带鞭毛基因，但这些基因可能源自共同祖先并通过垂直遗传得以保留。研究表明，生活在水生环境中的单细胞放线菌更倾向具有鞭毛，而生活在土壤的丝状放线菌或宿主相关环境中的病原菌或共生菌则往往缺乏鞭毛。这种鞭毛的大量独立丢失现象可能与放线菌向陆生丝状生长或宿主相关生活方式的转变有关。放线菌鞭毛的退化性进化在具鞭毛物种的马达组成上也有所体现。早期具有鞭毛的放线菌物种中存在完整的鞭毛杆成分，而在进化晚期则出现部分丢失，主要缺失鞭毛杆的远端蛋白FlgFG。能形成游动孢子的放线菌物种例如
Actinoplanes
spp.具有极高的运动速度但没有FlgFG，表明退化后的鞭毛依然具备运动功能。
